Conan hat in der Detektei von Kogoro Mori, dem Vater seiner Freundin Ran, Unterschlupf gefunden und setzt nun alles daran, das Geheimnis um die mysteriöse Organisation, der er den ganzen Schlamassel zu verdanken hat, zu lüften. Um keinen unnötigen Verdacht zu erregen, geht er widerwillig auf die Grundschule und löst nebenbei aus dem Hintergrund Kogoro Moris Fälle, der bald als Detektiv in aller Munde ist.
Doch der wahre Meisterdetektiv ist natürlich Conan!